慶長19年(1614)、道蓮社大誉還重を開基に開創されました。山号を東福山といい、浄土宗知恩院派に属します。当初は、西念庵と称する庵であったと伝えられてます。 第8世法誉真染の代、寛政4年(1792)4月、本堂・庫裡・楼門に至るまで焼失し、古記録・その他すべて失せました。 文化2年(1805)、本堂が再建されましたが、翌3年1月24日、養父市場の大火のとき再び羅災。 同年4月、庫裡が再建され、文政2年(1815)、本堂が建立され今日に至っている。元治元年(1864)7月から翌年4月までの期間、出石に潜伏していた桂小五郎(木戸孝允)が、ときおり出石に巡察してくる新撰組の目をのがれるため、その都度峠を越えて西念寺に移り、寺男としてかくまわれたことはよく知られています。
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